Poměr počtu mikroorganismů, které žijí v našem trávicím traktu (bakterie, archea, viry, houby), k našim vlastním buňkám se uvádí někde v rozmezí 90:10 až 50:50. Poměr genů těchto organismů k našim vlastním genům se pohybuje dokonce někde kolem 100:1 (23.000 lidských genů = 1 % ke 2-20 milionům mikrobiálních genů = 99 %). ​

 

Tyto organismy, se kterými žijeme v symbióze, komunikují a vyměňují si informační chemické molekuly s našimi vlastními buňkami. Mikrobiom interaguje s naší genetickou výbavou (vypíná a zapíná určité geny) a dělá nás tím, čím jsme. Náš trávicí trakt má 500 milionů nervových buněk, které mají 20 různých druhů neuronů; chemické a mechanické senzory, které kontrolují svalové pohyby a vylučují hormony a enzymy. Mikroorganismy nám pomáhají trávit potravu a produkují některé vitamíny (B7 biotin, B9 folate, B12, K). Společně s naším mikrobiomem máme do určité míry charakter (decentrálně) “řízeného” superorganismu. ​

 

Probiotika, látky obsahující živé bakteriální kultury, většinou jenom procházejí zažívacím traktem, ale neusídlí se tam. Přesto interagují s mikrobiomem a naším imunitním systémem. Mohou tak hrát důležitou roli v jeho modulaci. Probiotika také posilují tvorbu mukusu a tím zvětšují bariéru mezi našimi buňkami a bakteriemi; zároveň podporují sekreci molekul zvaných defensins, které odpuzují patogenní bakterie, viry a houby. Mezi střevními buňkami jsou mezery vyplněné proteiny, které slouží jako jakási  “malta” a zabraňují průniku bakterií do organismu. Lidé, kteří konzumují probiotika, jsou většinou odolnější vůči infekcím. Geneticky silně diverzní mikrobiom má tendenci pomáhat organismu držet konstantní váhu nebo v případě nadváhy nám pomáhá v hubnutí. Oproti tomu geneticky málo diverzní mikrobiom se spojuje s tloustnutím, ale i s některými  patologickými projevy, jako je inzulinová rezistence a diabetes 2. typu.